Il nome della città di Lignano deriva dal latino "lupignanum", che significa "luogo popolato da lupi". Lignano era una volta un piccolo centro portuale dei pescatori della laguna di Marano. Nell'epoca romana Lignano era attraversata dalla Via Annia, che legava l'Aquileia di Concordia, qui sono state ritrovate molte pietre utilizzate nella costruzione di strade dai Romani che attestano questo fatto. Secondo i disegni scoperti che risalgono al XV- secolo, Lignano e dintorni sono rappresentati da alcune dune separate da canali, una foresta di pini, poche case lagunare, un rifugio per i pescatori e la chiesa.
Nel Medio Evo, Lignano si trovava sotto l'autorità del patriarcato di Aquileia, poi è stato assegnata a Gorizia. Dal 1542, sotto il Patriarca Grimani, il villaggio prosperò, ottimo periodo per essere rafforzato. Più tardi, dopo un attacco eseguito dai veneziani che ha distrutto la fortezza il villaggio è stato abbandonato. Dal 1800 si è iniziato a costruire delle nuove abitazioni e la zona ha cominciato essere di nuovo abitata. Agli inizi del XIX secolo sono stati costruiti i primi alberghi nella zona e Lignano divenne nota località turistica sul Mar Adriatico.
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