Le nom de la ville Lignano vient du Latin « lupignanum » qui signifie « lieu habité par les loups ». Une fois, Lignano était un petit centre portuaire de pêcheurs de la zone Marano Lagunare. À l’époque romaine, Lignano était traversée par Via Annia qui liait Aquileia et Concordia, sur laquelle on a découvert beaucoup de cailloux utilisés dans la construction des chemins par les Romains. Selon les dessins découverts, datant du XVème siècle, les zones voisines de Lignano sont représentées par des dunes séparées par des canaux, un bois de pins, quelques maisons lagunaires, un refuge pour les pêcheurs et une église.
Au Moyen Âge, Lignano était sous l’autorité du patriarcat d’Aquileia, et ensuite l’on a transféré a Gorizia. Depuis 1542, sous ordre du patriarche Grimani, le village a prospéré pendant un longue période de temps, étant fortifié. Ensuite, après une attaque des vénitiens, qui a détruit la forteresse, le village a été abandonné. Dès 1800, les gens ont commencé construire de nouveau des maisons et peupler la zone. Environ le début du XIXème siècle, on a construit les premiers hôtels et Lignano est devenue une station adriatique connue.
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